L'utilizzo di un adeguato sistema di filtrazione è indispensabile per garantire la purezza dell'aria ed in alcuni ambienti è necessario ricorrere a filtri assoluti (efficienza > 99,97%).

La gestione dei dispositivi di filtrazione è un aspetto crtitico che richiede personale altamente specializzato. La semplice sostituzione di filtri ad alta efficenza (ad. es. HEPA) comporta la verifica del corretto posizionamento e tenuta dell'housing, oltre alle conseguenti analisi (ad. es. DOP test).

Le procedure di manutenzione richiedono la documentazione delle sostituzioni periodiche ed il mantenimento dei certificati del fornitore.